nginx で pukiwiki を起動する時、web 上のレシピによっては fastcgi_param の設定が適切にできず、アンカーの張るパスがファイルシステム上のフルパスになってしまう場合がある。
正：
fastcgi_param SCRIPT_NAME $fastcgi_script_name; fastcgi_param SCRIPT_FILENAME $document_root$fastcgi_script_name;
誤：
fastcgi_param SCRIPT_NAME $document_root$fastcgi_script_name; fastcgi_param SCRIPT_FILENAME $document_root$fastcgi_script_name;
要は、phpinfo() の環境変数などが正しくセットされればいいわけで、正常な例とにらめっこしながら設定してみると良いのでは。
設定は、fastcgi_param で正しくやっておけば、nginx.conf だったり各サイトの server ディレクティブ内でだったりで設定しなくていいはず。