ProFTPDの場合。
.ftpaccess を表示させたくないディレクトリへ作成。
ファイルの中身はこんな感じ。
<Limit DIRS> DenyAll </Limit>
ただしこの設定を行なうと、親フォルダからそのディレクトリ自体を表示できなくなる。
Windows 標準の FTP クライアントの場合、
cd -- 不可
put -- 可能
具体的には、
put hogehoge.txt invisible_dir/hogehoge.txt
のように名前を直接指定して転送すれば、転送は可能。